Tradisjonell havforskning og havovervåking har tidligere fokusert på enkeltelementer i økosystemet, f.eks. én fiskeart eller én miljøfaktor. Med nye moderne forskningsfartøyer, ny instrumentering, og en vilje til å tenke helhetlig, gjennomfører nå Havforskningsinstituttet tokt der vi overvåker og forsker på hele det marine økosystemet.

Norskehavet er et viktig beiteområde for noen av våre største bestander av pelagisk fisk som norsk vårgytende sild, makrell og kolmule. Flere nasjoner grenser til Norskehavet og deler de pelagiske bestandene som beiter der. Det er derfor en felles innsats fra disse nasjonene som hvert år gjør det mulig å dekke et så stort havområde som Norskehavet i løpet av en måned. I tillegg til Norge deltar også EU, Færøyene, Island og Russland med fartøy. Russland dekker Barentshavet fordi dette er et viktig oppvekstområde for norsk vårgytende sild, mens de andre nasjonene samtidig dekker hver sine deler av Norskehavet.

I hvilken grad skremmes ulike fiskeslag av seismikk? Hvor stor påvirkning har dette for fisket på disse artene? Hvor lang tid varer eventuelle effekter fra seismikken? Målet er å svare på disse spørsmålene når Havforskningsinstituttet i sommer skal undersøke effekter av seismisk skyting utenfor Vesterålen.

Vinterloddetoktet er en del av et større norsk-russisk tokt med flere fartøyer i Barentshavet. Under toktet gjøres det blant annet mengdeberegning av gytelodde med ekkolodd og sonar og estimering av vandringshastighet. Forskerne vil også undersøke retning for gytelodde med sonar som støtte for akustisk mengdeberegning.

Norge er i ferd med å bli en betydelig fiskerinasjon i Sørishavet. Gjennom et omfattende tokt vinteren 2008 skal Havforskningsinstituttet bidra til bedre kunnskap om det antarktiske økosystemet, slik at de marine ressursene her kan forvaltes like godt som vi forvalter våre bestander i nord.

Skreitoktet er et akustisk tokt med et fartøy i Lofoten-Vesterålen i siste halvdelen av mars, der gytebestanden blir mengdemålt. På ettersommeren undersøker forskerne også Svalbardkomponenten av torskebestanden (den delen av torskestammen som en ikke får undersøkt om om vinteren på grunn av is.

Kysttoktet er Havforskingsinstituttet sitt årlege tokt på kysttorsk, sei og hyse.