I 2008 ble Porsangerfjorden en del av kyst- og fjordprogrammet EPIGRAPH. Dette er et samarbeid mellom Havforskningsinstituttet, universitetene i Bergen, Tromsø, Ås og St Andrews i Skottland, NIVA og Høyskolen i Finnmark. Programmet skal gi forskerne økt kunnskap om hvordan økosystemene i Porsanger og Hardangerfjorden fungerer, og dermed økt forståelse for hva som ligger bak endringene i ulike marine bestander.
Fem delprosjekter
For å finne årsakene til endringene i Porsangerfjorden, vil forskerne bruke et modelleringsverktøy som tidligere har gitt gode resultater. De skal være sterkt fokus på fisk, sel, kongekrabbe, kråkeboller, andre bunndyr og makroalger (tare). Informasjonen som trengs skal innhentes og evalueres i fem delprosjekter:
1. Transport av kongekrabbelarver, torskeegg og -larver
I Porsangerfjorden gyter både lokal kysttorsk og torsk fra Barentshavet. Gyteproduktene deres har litt forskjellige fysiske egenskaper, og forskerne vil kartlegge hva det har å si for spredningen av bestandene. Hos kongekrabbe vil forskerne prøve å finne ut når og hvor larvene bunnslår.
2. Populasjonsdynamikk hos fisk og tetthet av pelagiske krepsdyr
Vi skal studere torskens vandringsmønster, beregne biomasse av viktige fiskearter og pelagiske krepsdyr, samt undersøke dietten til viktige fiskepopulasjoner. Hos torsk vil vi også undersøke rekruttering, dødelighet, vekst, alderssammensetning og alder ved kjønnsmodning.
3. Steinkobbe, havert og andre sjøpattedyr
Den økologiske rollen til sjøpattedyrene som oppholder seg i Porsangerfjorden skal undersøkes. Hovedfokus er på steinkobbe, men også havert blir undersøkt, og det er ønskelig å innhente data om nise. Under eventuelle invasjoner av grønlandssel, vil artens økologiske rolle bli evaluert.
4. Tareskog, kråkebolle og kongekrabbe
Målet for undersøkelsene i dette delprosjektet er å få oversikt over forekomsten av stortare, kongekrabbebestanden og fordeling og produksjon av kråkeboller. Hvilke effekter kongekrabbens beiting har på kråkebollebestanden skal også undersøkes.
5. Bunnhabitater
Også arter som lever i og på bunnsedimentene i Porsangerfjorden skal undersøkes. Antall og biomasse av individer innen de forskjellige dyregruppene, sammen med kunnskap om tilvekst og temperaturmålinger, skal brukes til å beregne produktiviteten hos disse dyregruppene. I tillegg skal mengden, utbredelsen og størrelsen på kongekrabbens potensielle byttedyr kartlegges. På lengre sikt vil det være interessant å undersøke hvilket nivå balansen mellom kongekrabbene og bunndyrene stabiliserer seg på.

Om Porsangerfjorden
Porsangerfjorden i Finnmark strekker seg ca.120 km i nord–sør retning og er 13–19 km bred (ca. 1800 km2). Den ytre delen av fjorden er i hovedsak 50–180 m dyp, men maksimal dybde er ca. 310 m. Omtrent midt i den ytre fjorden ligger Store Tamsøy hvor et mindre antall havert holder til.
I den indre delen av Porsangerfjorden er det mer enn femti skjær, holmer og øyer som er tilholdssted for en steinkobbebestand på i overkant av 200 dyr. I den indre delen av fjorden er det flere forskjellige habitater. I sørvest er det grunt (3–27 m) med sand og mudderbunn, mens det i Austerbotn i sørøst er dyp ned til 115 m. Der er det ekstremt kaldt bunnvann (rundt 0 °C), og der finnes en lokal bestand av polartorsk. I de grunnere områdene mellom Austerbotn og den indre vestlige delen består bunnen av sand, grus og stein. Der finnes det blant annet flere haneskjellfelt. Store deler av den indre fjorden fryser vanligvis til om vinteren.