Skipet er eigd, bemanna og drive av eit privat selskap. Havforskingsinstituttet brukar fartøyet om lag 75 dagar i året, hovudsakleg i dei nordlegaste områda.
Forskingsaktiviteten vil for det meste bli gjennomført i Barentshavet og nær iskanten, då skipet er bygd i øvste isklasse (DnV Ice 1A).
I 1992 vart skipet teikna om av Skipsteknisk AS og bygd om til forskingsfartøy ved Båtbygg AS. ’Jan Mayen’ har vore leigd av Universitetet i Tromsø sidan 1992, og leigeperioden vart nyleg utvida til år 2012.
