Havforskningsinstituttet har fem rådgivningsprogram:
- Overvåkning og tilstandsvurdering av økosystemet Barentshavet
- Overvåkning og tilstandsvurdering av økosystemet Norskehavet
- Overvåkning og tilstandsvurdering av økosystemet Nordsjøen
- Overvåkning og tilstandsvurdering av kystsonen
- Akvakultur
Rådgivningsprogrammene er grunnlaget for en bærekraftig og helhetlig forvaltning av:
- marine ressurser
- havmiljø
- havbruk
Med bestandsvurdering og kvoteråd fra Det internasjonale råd for havforskning (ICES) som grunnlag, legger instituttet fram faglige råd til de årlige fiskeriforhandlingene mellom Norge og andre parter (EU, Russland, Færøyene og Grønland) og til den nasjonale kvotefordelingen.
Havforskningsinstituttet deltar også årlig med ressursrådgivning i Den nordøstatlantiske fiskerikommisjon (NEAFC).
Havforskningsinstituttet overvåker langtidsutviklingen og gir prognoser for klima og produksjonsforhold i havet og er myndighetenes fremste rådgiver i spørsmål omkring tilstanden i havmiljøet og forurensning i norske kyst- og havområder.
Med grunnlag i forskningsdata fra akvakulturproduksjon av bl.a. laksefisk, kveite, torsk og kamskjell gir Havforskningsinstituttet forvaltningsråd for akvakultur innen helse og sykdom, miljø og etikk og i genetiske spørsmål knyttet til biodiversitet.
Bistandsrettet arbeid innen forskning og forvaltning er et samarbeid mellom Fiskeridirektoratet og Havforskningsinstituttet og er organisert i enheten Fiskerifaglig senter for utviklingssamarbeid. Målet med senterets arbeid er å bidra til etablering av selvstendige forskningsinstitusjoner og forvaltningssystemer i samarbeidslandene.
