Havforskingsinstituttet har hovudkontor i Bergen, men viktige delar av aktivitetane føregår på avdelinga vår i Tromsø, på forskingsstasjonane i Matre, Austevoll og Flødevigen og på fartøya våre, som til saman er på havet over 1600 døgn i året. I tillegg leiger instituttet kommersielle fartøy med nærare 1000 toktdøgn i året.
Instituttet har òg ein stor bistandsretta aktivitet gjennom Fiskerifagleg senter for utviklingssamarbeid. Forsking og råd frå Havforskingsinstituttet skal vere med å leggje grunnlaget for at samfunnet også i framtida skal kunne hauste av dei store verdiane i havet og på kysten. Havforskingsinstituttet har ansvar for drifta av fem store forskingsfartøy. Forskingsfartøya er dei viktigaste reiskapane for innsamling av data innan marine ressursar og miljø.
