Arbeidet på laboratoriet er i vesentlig grad konsentrert om å analysere miljøprøver for næringssalter og andre viktige algebiomasse parametere, radionuklider, algetoksiner og organiske miljøgifter. I tillegg er det et eget laboratorium for saltanalyser og benthosundersøkelser.
Kjemilaboratoriet i Bergen tilfredsstiller kravene i NS-EN ISO/IEC 17025 (2005). Kjemilaboratoriet ved Havforskningsinstituttet er et prøvingslaboratorium som er akkreditert av Norsk Akkreditering til kjemisk prøving (P12) og radioaktivitet og ioniserende stråling (P22) under registreringsnummer Test166. En liste over akkrediterte analyser er tilgjengelig på forespørsel.
