"G.O. Sars" er oppkalt etter vår første havforsker, Georg Ossian Sars (1837–1927), og er Havforskningsinstituttets tredje fartøy med dette navnet.

Den norske regjering besluttet i september 2012 å bevilge midler til bygging av et nytt forskningsfartøy. Fartøyet ble bygget ved verftet Astilleros Gondán i Spania etter design fra Skipsteknisk AS i Ålesund. Nye "Dr. Fridtjof Nansen" ankom Bergen i januar 2017 og ble døpt i Oslo i mars 2017 av statsminister Erna Solberg.

"Johan Hjort" er den fjerde i rekken av forskningsfartøy med dette navnet, og er oppkalt etter instituttets første direktør Johan Hjort (1869-1948).

Den tidlegare "Dr. Fridtjof Nansen" har nå gjennomgått ei omfattende ombygging og oppgradering og har skifta navn til ”Kristine Bonnevie”

I 1985 ble FTFIs båt "Kystfangst" overført til Havforskningsinstituttet og stasjonert i Flødevigen. Den ble omdøpt til "G.M. Dannevig" til ære for grunnleggeren av Forskningsstasjonen Flødevigen, Gunder Mathiesen Dannevig (1841-1911).

Den norske regjeringen besluttet i oktober 2012 å bygge et nytt isgående fartøy. Skipet er bygget av det italienske verftskonsernet Fincantieri og ble sjøsatt i Italia i februar 2017. Den 2. januar 2018 ankom FF "Kronprins Haakon" Bergen.

"Hans Brattström" eies av Universitetet i Bergen og drives av Havforskningsinstituttet. Havforskningsinstituttet bruker fartøyet 200-230 fartøydager per år i fjordene langs vestlandskysten.