"G.O. Sars" er oppkalt etter vår første havforsker, Georg Ossian Sars (1837-1927), og er Havforskningsinstituttets tredje fartøy med dette navnet.

Den norske regjering besluttet i september 2012 å bevilge midler til bygging av et nytt forskningsfartøy. Det nye skipet ble klart i årsskiftet 2016/2017 og erstatter tidligere ”Dr. Fridtjof Nansen”, som ble bygget i 1993.

"Johan Hjort" er den fjerde i rekken av forskningsfartøy med dette navnet, og er oppkalt etter instituttets første direktør Johan Hjort (1869-1948).

Den tidlegare "Dr. Fridtjof Nansen" har nå gjennomgått ei omfattende ombygging og oppgradering og har skifta navn til ”Kristine Bonnevie”

I 1985 ble FTFIs båt "Kystfangst" overført til Havforskningsinstituttet og stasjonert i Flødevigen. Den ble omdøpt til "G.M. Dannevig" til ære for grunnleggeren av Forskningsstasjonen Flødevigen, Gunder Mathiesen Dannevig (1841-1911).

Den norske regjeringen besluttet i oktober 2012 å bygge et nytt isgående fartøy. Havforskningsinstituttet er ansvarlig for prosjektet og Rolls Royce Marine har tegnet det. "Kronprins Haakon" blir et av verdens mest avanserte forskningsfartøy. Kostnadsrammen er på ca. 1,4 milliarder kroner, eller ca. 175 millioner euro.