Systemet for prøvetaking og bearbeiding av innsamlede data er nesten identisk med systemet som brukes på instituttets forskningsfartøyer.
Den havgående referanseflåten
Kystreferanseflåten
Hvert fjerde år foretas det en utlysning der alle norske fiskebåteiere får mulighet til å uttrykke sin interesse for å være med i Referanseflåten. Referanseflåten er selvfinansiert ved at norske myndigheter har avsatt en liten del av de norske fiskekvotene til forskningsformål. Fiskeren får mellom 50 og 60 prosent av fangstverdien av forskningskvoten som tildeles Referanseflåten for å dekke sine utgifter til fangsting, produksjon og omsetning av forskningskvoten. Resterende beløp brukes til å drifte Referanseflåten, hovedsakelig til betaling for arbeidet som fisker gjør med prøvetaking av fangsten sin.
