Havforskingsinstituttet leiar to prosjekt i Polaråret, NESSAR (Norwegian component of Ecosystem Studies of Subartic and Artic Regions) og AKES (Antarctic Krill and Ecosystem Studies), i tillegg til at instituttet deltar i fleire andre prosjekt.

Under gjennomføringa av NESSAR skal effekten av klimaendringar på økosystema i Barentshavet og Norskehavet studerast. Målet er å kunne føreseie økosystema sin respons på framtidige menneskeskapte klimaendringar. Under forsøket vil det bli gjennomført feltarbeid rundt polarfronten. Frontområdet er svært produktivt, og derfor viktig beiteområde for fleire kommersielt viktige artar. Under klimasvingingar vil desse frontområda sannsynlegvis flytte på seg.

AKES-prosjektet skal bidra til betre kunnskap om storleiken og utbreiinga av krill i Antarktis. Heile det marine økosystemet frå dyreplankton til sjøpattedyr skal kartleggast, og i samband med AKES blir det også planlagt å gjennomføre genetiske- og fiskesjukdomsstudiar i Sørishavet. På toktet til Sørishavet blir det planlagt å bruke ”G.O. Sars”. Det vil bli samarbeidd med andre institusjonar, både nasjonale og internasjonale, om paleoklimatiske og hydrografiske studiar, samt studiar av økosystem og havsirkulasjon. Størstedelen av tokttida vil bli brukt i området rundt Bouvetøya der dei pelagiske marine ressursane aldri har vore studert eller kartlagt.