Målet med endringen er blant annet å utvikle en organisasjon som gir rom for et sterkere forskningsstrategisk fokus og utvikle en rådgiving som er mer økosystembasert. Å få til kortere kommunikasjonslinjer og utvikle infrastruktur, laboratorier, tokt- og feltaktiviteter som felles tjenester for hele instituttet er også mål med organisasjonsendringen.
Dette er hovedtrekkene i den nye organisasjonen:
- Det er opprettet 19 nye forskningsgrupper som dekker instituttets tradisjonelle fagområder. Disse er tverrfaglige, sammensatt av faglig personell fra ulike deler av instituttet. Forskningsgruppene har utarbeidet en forskningsstrategi for 2004.
- Det er opprettet en ny Forskningsteknisk avdeling som har ansvar for tokt- og feltaktivitet, laboratorier og data. Avdelingen har seks undergrupper, kalt forskningstekniske grupper.
- Enhetene Rederi og Fiskerifaglig senter for utviklingsarbeid opprettholdes som tidligere.
- Instituttet har fire rådgivningsprogram: Havbruk, Overvåking og tilstandsvurdering av økosystemet Barentshavet, Overvåking og tilstandsvurdering av økosystemet Norskehavet / Nordsjøen , Overvåkning og tilstandsvurdering av kystsonen. Rådgivingsprogrammene er ledet av hver sin forskningsdirektør.
- De administrative tjenestene er sentralisert til Administrasjonsavdelingen.
- Det er etablert en ledergruppe med adm. direktør, forskningsdirektører og forskningssjef i Tromsø. Denne utgjør instituttets forskningsledelse. Den utvidete ledergruppen består av forskningsledelsen samt avdelingsdirektører, rederisjef, leder av fagsenter for u-land og informasjonssjef.
- Instituttets ledelse og hovedadministrasjon og de fleste ansatte vil fortsatt holde til i Bergen. I tillegg har Havforskningsinstituttet en egen avdeling i Tromsø, en forskningsstasjon i Flødevigen (Arendal) og havbruksstasjonene i Matre og Austevoll.
