Kystsonen har et stort og allsidig potensial for verdiskaping. Et optimistisk scenario viser at produksjonsverdien kan komme opp mot 150 milliarder kroner i 2020 dersom verdiene forvaltes på en riktig måte. Det kan tilsvare så mye som 20% av den totale verdiskapingen i Norge. Havforskningsinstituttet har som mål å bidra til denne verdiskapningen ved å øke kunnskapen om kystsressursers bestandsstruktur, dynamikk, økologiske betingelser og riktig beskatning. Inkludert i dette arbeidet er overvåkning av kystens (inkl.fjorder) miljø (temperatur, saltholdighet, oksygen, næringssalter og organisk belastning) og produksjon av plante- og dyreplankton samt bunnlevende dyr. Data fra disse overvåkningene vil bidra til overvåkning tilknyttet EUs Rammedirektiv for vann.
Den økte interessen og presset på kystsonen blir gjerne knyttet til begreper som helhetlig kystsoneforvaltning, bærekraftig kystsoneforvaltning, langsiktig kystsoneforvaltning eller økologibasert forvaltning, og "føre-var"- tenkningen har fått økende plass i slik forvaltning.
Rådgivningsprogrammet vil oppdatere det marinøkologiske kunnskapsgrunnlaget for en ansvarlig og bærekraftig forvaltning av kystsonen og bli konsentrert innen følgende hovedområder:
- Økosystemer i kystsonen: oppbygging, virkemåte og variabilitet
- Metodeutvikling: observasjons og måleteknologi, modeller, høsting
- Marint biologisk mangfold: overvåking av strategiske referanseområder langs norske kysten, vurdere miljøsituasjonen og det biologiske mangfoldet
- Levende marine ressurser: vurdere effekten av miljø og menneskelig aktivitet på levende ressurser i kystsonen og deres leveområder, tålegrenser til disse og gi råd om uttak
