Økosystemtoktet  høsten 2005 gjennomføres fra 1. august til 30. september. Havforskningsinstituttet deltar med tre forskningsfartøy; G.O. Sars, Johan Hjort og Jan Mayen, mens det russiske havforskningsinstituttet PINRO deltar med to: Nansen og Smolensk. G.O. Sars vil under toktet fungere som "moderskip", og data fra de andre fartøyene vil bli samlet her for sammenstilling og analyse.

Etter toktet, i oktober, samles norske og russiske forskere til et møte i Murmansk for å påbegynne analysen av de innsamlede data og skrive en toktrapport som danner grunnlaget for forvaltningsråd for Barentshavet.

Havforskningsinstituttet skal bruke totalt 125 toktdøgn på dette toktet, fordelt på de tre fartøyene FF G.O. Sars (moderskipet), FF J.Hjort  og FF J.Mayen . I tillegg skal to russiske fartøyer fra PINRO delta. 

Delundersøkelser som inngår i toktet

1. 0-gruppe fisk (årets yngel av torsk, hyse, lodde, sild og sei)
2. Lodde
3. Sild
4. Bunnfisk (torsk, hyse, steinbit m.fl.)
5. Blåkveite
6. Kolmule (også mageprøver)
7. Reke
8. Plankton
9. Bunnorganismer (sk. benthos: muslinger, snegler, krabber, koraller, mm.)
10. Oseanografi (vanntemperatur, saltholdighet, strømmer)
11. Sjøpattedyr
12. Sjøfugl
13. Miljøprøver – forurensing
14. Utprøving av automatisk fangstmåler

Formål

Toktet er ment å være mer enn en samling av enkeltundersøkelser, og man vil derfor analysere utbredelse av predatorer og bytte i forhold til hverandre og fysiske miljøfaktorer. Vi vil også i detalj undersøke dietten til utvalgte byttedyr. Slike studier av utbredelse og diett vil gi oss en bedre forståelse av de økologiske sammenhenger i økosystem Barentshavet.